آیتالله "سیدمصطفی خمینی" فرزند امام خمینی قدس سره درنیمه شب یکشنبه اول آبان ۱۳۵۶بهشکل مرموزانهای به شهادت رسید. در پی شهادت وی امام (ره) در بخشی از یادداشتی چنین مرقوم کردند: مصطفی خمینی نور بصرم و مهجهی قلبم دارفانی را وداع کرد.
در یادداشت امام (ره) آمده است:
بسمه تعالی
انالله و اناالیه راجعون
در روز یکشنبه نهم شهر ذیالقعده الحرام ،۱۳۹۷مصطفی خمینی نور بصرم و مهجهی قلبم دارفانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد.
اللهم ارحمه و اغفرله و اسکنه الجنه بحق اولیائک الطاهرین علیهم الصلوه و السلام."
با انتشار خبر حوزه نجف در هالهای از غم و اندوه فرو رفت. درسها تعطیل شد و روحانیت به سوگ نشست. جنازه آن شهید توسط یاران و شاگردان او به کربلا برده شد. در این مراسم جمعیت انبوهی شرکت کردند و جنازه را با آب فرات غسل داده و در محل خیمهگاه امام حسین علیهالسلام کفن کردند و پس از طواف در حرم مطهر حضرت سیدالشهدا علیهالسلام و حضرت عباس علیهالسلام به نجف بازگرداندند و روز بعد جنازه آن شهید از مسجد بهبهانی به طرف صحن مطهر علوی تشییع شد.
امام قدس سره در مسجد بهبهانی حضوریافت و پس از توقفی کوتاه و خواندن فاتحه، با قامتی استوار به خانه بازگشت و در مراسم تشییع و خاکسپاری شرکت نکرد. آیتالله خویی قدسسره در صحن مطهر امام علی علیهالسلام، بر جنازه وی نماز خواند و در کنار مقبره علامه حلی قدس سره به خاک سپرده شد.
آیت الله سیدمصطفی خمینی در آذرماه سال ۱۳۰۹هجری شمسی در قم متولد شد و تحصیلات ابتدایی را در مدرسههای باقریه و سنایی به پایان رساند سپس به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و در سال ۱۳۳۰سطح را به پایان رسانید و در درس خارج امام قدس سره و آیتالله بروجردی قدسسره حضور یافت و دیری نپایید که به درجه اجتهاد رسید و از تقلید بینیاز شد.
وی در سال ۱۳۴۱هجری شمسی همراه با امام قدس سره به مبارزه با رژیم برخاست و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش به سزایی ایفا کرد.
ایشان ۱۴دی ماه سال ۱۳۴۳دستگیر و به ترکیه تبعید شد. در ۱۳مهر ۱۳۴۴وی به همراه پدر بزرگوارشان از ترکیه به عراق برده شدند و ۲۳مهر ۱۳۴۴در نجف سکونت گزیده و بیدرنگ درس و بحث را آغاز کردند. حاج آقا مصطفی نیز افزون بر حضور در درس امام قدسسره، به تدریس پرداخته و شاگردان فاضلی پرورش دادند.
آیت الله سیدمصطفی در کنار برنامههای درسی و علمی با راهها و شیوههای نوینی مبارزه با شاه را دنبال کرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام قدس سره بود. در ۲۱خرداد ۱۳۴۸به دنبال یک سلسله فعالیتها و کوششهایی در راه برانگیختن آیتالله حکیم قدس سره علیه رژیم ضداسلامی عراق، بعثیها او را دستگیر و به بغداد بردند.
وی در نیمه شب یکشنبه اول آبان ۱۳۵۶به شکل مرموزانهای به شهادت رسید.
این شهادت نهضت اسلامی ۱۵ساله ایران را جان تازهای بخشید، به گونهای که یکباره فراگیر و به شکل انقلابی طوفانزا و کاخ برانداز درآمد.
آیتالله سید مصطفی خمینی تالیفات زیادی از جمله القواعد الحکمیه (حاشیه بر اسفار که مخطوط میباشد)، کتاب البیع (دوره کامل مباحث استدلالی بیع در سه جلد)، تحریرات فیالاصول (از اول اصول تا استصحاب تعلیقی)، شرح زندگانی ائمه معصومین علیهماالسلام تا زندگانی امام حسین علیهالسلام، مستند تحریر الوسیله، تعلیقهای بر عروهالوثقی، تفسیر قرآن الکریم در سه جلد، مبحث اجاره، کتاب الاصول، القواعد الرجالیه و کتابی در مبحث نکاح به یادگار مانده است.